Atatürk Çay ve Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, 1924 yılında 60 dekar alan üzerinde “Narenciye Fidanlığı” adı altında kurulmuştur. Kuruluş amacı, bağlı olduğu Çay İşletmeleri Genel Müdürlüğü’nün kuruluş yasası ile belirlenen genel görevlerine paralel olarak çayda; tarım, teknoloji, biyokimya, mücadele ve pazara hazırlık konularında araştırma ve geliştirme çalışmalarında bulunmak, diğer çay üreticisi konumundaki ülkelerde çay konusunda yapılan çalışmaları takip etmek, yapılan bu çalışmalar neticesinde elde edilen verileri değerlendirerek sonuçlarının ilgili daire ve kuruluşlar tarafından uygulamaya geçirilmesi için gerekli faaliyetlerde bulunmaktır.
Enstitü Müdürlüğü; Yetiştiricilik ve Islah, Biyokimya, Toprak ve Bitki Besleme, Bitki Koruma ve Mikrobiyoloji, Teknoloji, Deneme ve İstatistik, Mali ve İdari İşler Kısım Müdürlüğü olmak üzere 7 idari birimden oluşmuştur. Bu birimlerde 25 memur, 21 işçi olmak üzere toplam 46 personel görev yapmaktadır. Ayrıca hizmet satına alma yoluyla garsonluk ve çevre temizlik hizmetleri için 14, güvenlik içinde 12 olmak üzere ilave olarak toplam 26 personel daha çalıştırılmaktadır. Botanik Parkı, Ziraat Çay Bahçesi ve Hayrat Fidanlığı da Enstitü Müdürlüğünün sorumluluğu altındadır.
Enstitü Müdürlüğünde Toprak Laboratuarı, Biyokimya Laboratuarı, Kromatografi Laboratuarı, Mikrobiyoloji Laboratuarı , Teknoloji Laboratuvarı ve Doku Kültürü Laboratuvarı olmak üzere 6 laboratuar bulunmaktadır. Bu laboratuarlarda, Türk Gıda Kodeksi Siyah Çay Tebliği ve Mikrobiyolojik Kriterler Tebliğinde yer alan kalite parametrelerine ait analizler ile birlikte toprak, pestisit kalıntısı, aromatik bileşikler, theafilavin, thearubigin, toplam polifenol, fenolik bileşikler, kafein, aflatoksin, makro ve mikro element analizleri gibi çayla ilgili diğer bir çok analiz yapılmaktadır. Doku Kültürü Laboratuvarında üstün özelliklere sahip tescilli klonların doku kültürü yöntemi ile çok kısa zamanda ve fazla sayıda çoğaltılmasının sağlanması için altyapı hazırlıkları yapılmaktadır. Teknoloji Kısım Müdürlüğü bünyesinde kurulan minyatür siyah çay ve yeşil çay üretim tesislerinde siyah çay ve yeşil çay imalat yöntemlerinin optimizasyon çalışmaları ile klon çaylardan elde edilen mamul çayların kalite parametrelerinin tespit çalışmaları yapılmaktadır. Yine Teknoloji Kısım Müdürlüğü bünyesinde pilot ölçekte instant çay üretim tesisi ve pilot ölçekte dekafeinize çay üretim tesisi tamamlanmış olup bu tesislerde AR-GE çalışmalarına devam edilmektedir.
Enstitü Müdürlüğünde bulunan laboratuarlarda yapılan analizler için Türk Akreditasyon Kurumundan akreditasyon sertifikası alınması amacıyla yürütülmekte olan çalışmalar tamamlanmış ve TS EN ISO IEC 17025 standardına göre akreditasyon sertifikası alınmıştır. Halen akreditasyon kapsamında 7 analiz bulunmaktadır.